商品への機能性表示について、パッケージのフロント面に「機能性表示食品」と表示する。また、関与成分に基づく科学的根拠か、それとも科学的根拠は最終製品を用いた臨床試験によるものか、または研究レビューによるものかがわかる表現とする考え方が示された。そうした表現を消費者庁は重視し、例示として次のような表示方法を挙げた。

・最終製品を用いた臨床試験の場合：「本品にはＡ（機能性関与成分）が含まれるので、Ｂの機能があります」。

・最終製品に関する研究レビューの場合：「本品にはＡ（機能性関与成分）が含まれ、Ｂの機能があることが報告されています」。

・関与成分に関する研究レビューの場合：「本品にはＡ（機能性関与成分）が含まれます。ＡにはＢの機能があることが報告されています」。

また、特定の食事に加えて摂取することにより、機能性が期待できる商品については、前提とする食事を表示する。たとえば、「本品は○○を△mg含みますので、魚介類を□ｇ/日程度（日本人の平均摂取量）摂取している方の××に役立ちます」などとしている。

１日摂取目安量あたりの関与成分含有量の表示も必須となる。分析値は表示した値を下回らないことが求められる。ただし、生鮮食品や乾しシイタケ、緑茶などは含有量にばらつきがあり、「がんばっても表示値を守れないケースもある」という。このため、「○○（機能性関与成分）の含有量が一定の範囲内に収まるよう、栽培・出荷等の管理を実施しています。しかし、□□は生鮮食品ですので、××（ばらつきの要因）などによって、○○（機能性関与成分）の含有量が表示されている量を下回る場合があります」などの注意書きを加える。

ガイドライン（案）では、表示禁止事項も列挙した。栄養強調表示を除き、届け出た関与成分以外の成分で「○○強化」などと強調することはできない。また、「消費者庁承認」「消費者庁長官許可」といった国の承認を受けたと誤認させる表現も禁止する。

届出については、販売日の60日前までに行う。その際、同一商品で風味や内容量などが異なる商品がある場合は、別々に届け出る必要はないとしている。
消費者庁は企業からの届出情報をウェブサイトで開示する。原則すべての情報が開示されるが、「製品規格書」「分析成績書」「組織図」といった企業秘密に該当する情報は非公開となる。

一方、届け出た商品の販売・製造を中止した場合や、安全性・機能性の科学的根拠で新たな知見が得られて疑義が生じた場合には、「撤回届出書」を消費者庁へ提出する。