https://hashigozakura.wordpress.com/2014/06/13/ｓｔａｐ細胞、dna解析で遠藤高帆上級研究員らが/
理研・遠藤高帆 上級研究員が「STAP細胞」遺伝子配列データの再解析結果を論文で報告 / 日本分子生物学会の英文誌Genes to Cellsに掲載（2014年12月末まで無料公開）
2014年9月26日 ワイリー・サイエンスカフェ
http://www.wiley.co.jp/blog/pse/?p=29473
理化学研究所統合生命医科学研究センターの遠藤高帆 上級研究員は、理研・小保方晴子ユニットリーダーらがNature誌に掲載した「STAP細胞」関連論文の基になった遺伝子配列データの再解析を行い、その結果をまとめた論文を日本分子生物学会の英文誌 Genes to Cells で発表しました。
この論文で遠藤上級研究員は、STAP細胞論文とともに公開されたマウスの遺伝子配列データに対して、メッセンジャーRNA (mRNA) の塩基配列中の「一塩基多型」(single nucleotide polymorphism, SNP) と呼ばれる変異を解析する独自の手法を適用しました。小保方氏らの論文では、STAP細胞は新生児マウスの細胞から作られたとされていましたが、解析の結果、STAP細胞にはマウスの死産を招くはずの「8番トリソミー」という染色体異常があったことが分かりました。遠藤上級研究員は、今回の解析から得られた他の証拠も考慮して、STAP細胞とされたものは実際にはES細胞と非常に類似した性質をもつ培養細胞であったと結論づけています。
論文 ⇒ Endo, T. A. (2014), Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency. Genes to Cells. doi: 10.1111/gtc.12178 icon_free（2014年12月31日まで無料公開）
前に書いた記事↓
ＳＴＡＰ「ＥＳ細胞に酷似」理研研究員、遺伝子解析し論文発表
http://hama-sush-jp.pro/ghostripon/entry-11929827675.html
の、記者会見映像のようです。
要は、DNA解析から逆算し、論文の記述とデータに整合性が取れているか確認したところ・・・
ありゃりゃと。
遠藤上級研究員は、理研所属のdna解析のスペシャリストだそうです。
しっかりと論文を書き、研究者の作法で反論し、自浄作用を示せたのではないでしょうか。
懲りない面々なのかどうなのか↓
片瀬久美子 @kumikokatase 10月2日
昨日の遠藤高帆さんの記者会見について、理研が会見を主催しているのに理研のHPには何もUPされていない…。 記者会見資料くらいはUPされるだろうと思っていたけど、どういう扱いになっているのだろう？
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 10月1日
遠藤先生は「kahoの日記」に書いた内容を，それより前の2月の時点でコンプライアンス室に報告し（実際に連絡したのは別の人），CDBにも直接伝えていた。にもかかわらず3月5日にプロトコルが出たので，日記を書いたという。
【全録速報】 理研・遠藤高帆研究員が記者会見～STAP細胞のデータ解析を説明 2014.10.01
※音量がやや小さいかもしれませんが、その際には音量を最大化し、イヤホンでお聞きください。
STAP細胞のデータ解析をしていた理化学研究所統合生命医科学研究センター・統合ゲノミクス研究グループの遠藤高帆氏（上級研究員）が10月1日、記者会見を開き、分析結果を報道関係者向けに発表しました。
理研の小保方晴子ユニットリーダーらが英科学誌「Nature」に投稿した論文で、STAP細胞から作りだした多能性細胞「FI幹細胞」とされていたものについて、遠藤氏は「2種類の細胞から構成されている」と指摘。ES細胞にちかい細胞と、TS細胞にちかい細胞の、2種類の細胞が混ざったものだったことがわかったと説明しました。
さらに、幼齢マウスの脾臓からとったSTAP細胞とされていたものを分析した結果、胎仔として生まれることができない遺伝子異常が見つかったとして、論文の説明は成り立たないと指摘しました。
（参考記事） ※記者会見で配布された資料の全文を掲載
「STAP論文の説明は成立しない」理研・遠藤氏がデータ解析で指摘（要点資料全文）
http://www.bengo4.com/topics/2110/
（参考動画）
理研STAP検証実験・中間報告（2014.8.27）
https://www.youtube.com/watch?v=KEqRhJevNJ0
（弁護士ドットコムニュースのTwitter）
https://twitter.com/bengo4topics
https://www.youtube.com/watch?v=FL9ltGGX1Sk
記者会見場で配布された資料らしい↓
「STAP論文の説明は成立しない」理研・遠藤氏がデータ解析で指摘（要点資料全文）
http://www.bengo4.com/topics/2110/
STAP細胞のデータ解析をしていた理化学研究所統合生命医科学研究センター・統合ゲノミクス研究グループの遠藤高帆氏が10月1日、記者会見を開き、分析結果を報道関係者向けに発表した。
理研の小保方晴子ユニットリーダーらが英科学誌「Nature」に投稿した論文で、STAP細胞から作りだした多能性細胞「FI幹細胞」とされていたものについて、遠藤氏は「2種類の細胞から構成されている」と指摘。ES細胞にちかい細胞と、TS細胞にちかい細胞の、2種類の細胞が混ざったものだったことがわかったと説明した。
さらに、幼齢マウスの脾臓からとったSTAP細胞とされていたものを分析した結果、胎仔として生まれることができない遺伝子異常が見つかったとして、論文の説明は成り立たないと指摘した。
記者会見場で配布された、遠藤氏の分析の要点をまとめた資料の全文は、次の通り。
●STAP細胞NGSデータ解析論文についての解説
理化学研究所統合生命医科学研究センター 統合ゲノミクス研究グループ 遠藤高帆
論文の主旨
・細胞の遺伝子発現を解析する手法であるRNA-seqのデータを解析することによって細胞の性質を分析する手法を開発した。
・2014年1月にNature誌上に発表された論文のうち、Letter論文で用いられた遺伝子発現データを再解析した。
・その結果FI幹細胞と称して論文に使用された細胞が二種類の細胞から構成されていることを見出し、STAP細胞として論文に使用されたデータから染色体異常（8番染色体トリソミー）を見出した。
FI幹細胞について
・Letter論文中でSTAP細胞から作製されたとされた細胞。
・ES細胞は胎盤にならないが、FI幹細胞は胎盤を作ると主張された。
・論文のRNA‐seqデータでは129マウス（♀）とB6マウス（♂）を交配して生まれた幼齢マウスの脾臓からとったリンパ球等を初期化して得られたとしている。
・解析の結果、ES細胞に近いB6マウスの細胞とTS細胞に近い別系統のマウスの細胞であることを示す結果が得られた。（TS細胞は胎盤を作る細胞として知られる）
・細胞で発現している遺伝子を調べたところES細胞に特徴的な遺伝子とTS細胞に特徴的な遺伝子の両方を多く発現しており、中間の性質を示していたが、これは上記の2種類の細胞の混合であったためだと考えられる。
・論文中では割愛したが、細胞を緑に光らせるGFPを高発現しており、その配列から細胞初期化の指標となるOct4発現時に細胞が緑に光るOct4-GFPが入った細胞を用いていたことが推定される。また、TS細胞は一連の実験で比較対照用に使用されていたTS細胞と同じ系統のマウス（CD1）から得たものと推定される。
・遺伝子の配列および発現パターンからES細胞に近い細胞とTS細胞に近い細胞の比率は9：1程度であったと推定される。
・ただしこの混合が意図的なものであったかどうかは解析からは断定できない。またキメラ作製に使われ、論文で胎盤をつくるとされたFI幹細胞は遺伝子発現解析に使われたものと同じとは言えない。
STAP細胞について
・幼齢マウスの脾臓からとったリンパ球等を弱酸で処理して初期化したとされる細胞の塊。
・発現している遺伝子を解析した結果、8番染色体でだけ母親（129マウス）由来の遺伝子が父親（B6マウス）由来の遺伝子のおおよそ倍発現していることがわかった。
・遺伝子発現の総量が8番染色体だけ多くなっていることからも、塊を作っている細胞のほとんどで、8番染色体のほぼ全体がトリソミーになっていることが推定される。
・8番染色体トリソミーをもつマウスは胎生致死（異常が起きて胎仔が生まれることができない）であるため、この細胞が幼齢マウスから得られた細胞であるとは考えられない。
・Article論文に示されたデータより、弱酸処理は遺伝子異常を起こさず、またSTAP細胞は増殖しない。染色体異常は細胞分裂時に起きるため、論文に記述された方法ではRNA-seqのデータを取得したSTAP細胞は作成できない。
・幼齢マウスの脾臓から得た細胞ではなく、8番染色体のトリソミーを頻発するES細胞か、それに近い培養細胞だったと推測される。
・STAP細胞もFI幹細胞のケースと同様、遺伝子発現解析に用いられた細胞とキメラ作製に使われた細胞が同一ではないと考えられる。8番染色体のトリソミーをもつ細胞は生殖系列に乗らない（キメラはできてもキメラの子供には受け継がれない）ことが報告されているが、Article論文ではSTAP細胞の遺伝子がキメラの子供に受け継がれたことが写真によって示されている。
（弁護士ドットコムニュース）
上を読むと、STAPの論文は矛盾しまくりのようで（笑）
内容をキッチリ理解できる学者の方々は、口に出しては言わないが答えは既にわかっていると言うことではなかろうかと（笑）
解析データについては、↓のツイートも参考になると思います。
前記事の追加でメモしておこう。
古田彩 Aya FURUTA @ayafuruta 9月22日
幸い，データは数日後に再び公開された。今回解析されたデータが確かにSTAP論文のデータであることは，STAP論文の責任著者である若山照彦山梨大学教授が確認している。遠藤氏の,解析を，同じデータで検証することが可能。（8）